Begge organisasjonene har innvendinger, og har gjort sitt synspunkt klart i en høringsrunde.
KNBF, Region Øst sier i klartekst at en fredning av Vestre Flatskjær sterkt vil redusere området som utfartssted. Flatskjæra har dessuten stått på Oslofjorden Friluftsråds (OF) liste for områder som er sikret for allmennheten i over 50 år. Mot denne bakgrunn er fylkesmannens forslag om sjøfuglvern som å vifte med en rød klut.

– Dersom Vestre Flatskjær fredes kan dette føre til økt press på andre områder i nærheten. Her ferdes det mye båtfolk sommerstid og det hekker samtidig mye sjøfugl på øya. På Flatskjæra har folk og fugler delt plass uten problemer opp gjennom tidene, sier Ole Rune Grimsrud i KNBF, Båtforbundet.

Oslofjordens Friluftsråd som også har uttalt seg, peker på at Vestre Flatskjær er mye brukt av båtfolk og det kan til tider være opp til 40 fritidsbåter fortøyd i den fine naturhavnen(Fanterenna). OF peker på at det på begge holmer er tilrettelagt med brygger, søppelcontainere og fortøyningsbolter.

Skjærgårdstjenesten opplyser at øya generelt har lite sjøfugl. En mindre holme 200 meter nord for Vestre Flatskjær har imidlertid en del sjøfugl. OF ber om at fylkesmannen revurderer verneforslaget.

Fylkesmannen vil også verne området «Sauedauen» på nordsiden av Spjærøy. Området er sikret til friluftsliv, men benyttes i liten grad. Et vern vil derfor få begrenset betydning, hevder OF. Oslofjordens Friluftsråd er positiv til de fleste av fylkesmannens verneforslag, men går ikke med på vern av Vestre Flatskjær.

OF vil også diskutere nærmere et vern av Skomakerskjæra og Østre Utengskjær.